اسماعیل کوثری،عضو فراکسیون اصولگرایان مجلس: روحانی تجدیدنظر کند / توفیقی رای نمی آورد
نقوی حسینی،سخنگوی کمیسیون امنیت ملی : واکنش مجلس به معرفی توفیقی شدید خواهد بود /روحانی به کاسبکاران فتنه فرصت مجدد ندهد
ابراهیم نکو نماینده مردم رباط کریم در مجلس شورای : عزل و نصب‌های گسترده در زمان سرپرستی توفیقی در وزارت علوم که در بازده زمانی کوتاهی انجام شده است، نشانگر عدم توازن مدیریتی آقای توفیقی است./ عزل و نصب‌های گسترده مخالفت مجلس با توفیقی را افزایش داده است/
بهروز نعمتی نماینده مردم همدان: برخی نگاه ها نسبت به توفیقی به شدت منفی است.
حجت الاسلام صدیقی نیز در خطبه های نماز جمعه تهران : خدا نکند که دولت دچار غفلت شده و وزیر علوم یا روسایی در دانشگاه‌ها منصوب کند که بوی فتنه می‌دهند؛ یا اینکه جریانات سکولار به عنوان حاشیه در دانشگاه‌ها فضای علمی را کمرنگ کنند.
سید کمال سجادی،سخنگوی جبهه پیروان خط امام و رهبری اظهار داشت:توفیقی از مجلس رای اعتماد نخواهد گرفت چراکه وزارت علوم یکی از وزارتخانه های حساس در کشور است، زیرا هم با مسائل علمی در سطوح عالی سروکار دارد و هم اینکه وضعیت دانشگاه ها به نوعی به مدیریت وزارت علوم بستگی دارد و مخالفتها با سرپرست کنونی زیاد است.
محمد ابراهیم بهرامی دبیرکل جمعیت دانشجویان حامی عدالت اسلامی: اقدامات توفیقی از روی حب و بغض سیاسی است/ اقدامات اخیر توفیقی مجلس را بشدت ناراحت کرده است.
کمی پیش تر فرهاد بشیری عضو کمیسیون آموزش گفته بود "آقای توفیقی در این فیلم سخنان غیرواقعی و غیرمنصفانه‌ای مطرح کردند."
او با اشاره به راه دشوار توفیقی برای کسب رای اعتماد مجلس اظهار داشت "نمایندگان مجلس ۳۰ ایراد از اظهارات جعفر توفیقی در آن فیلم گرفته‌اند."
به اعتقاد او، "در صورتی که توفیقی به مجلس معرفی شود، رای اعتماد نخواهد گرفت."
به گزارش فارس، یک نماینده شاخص مجلس از گفت‌وگوی غیررسمی علی لاریجانی رئیس مجلس شورای اسلامی و حجت‌الاسلام حسن روحانی رئیس‌جمهور خبر داد و اظهار داشت: باتوجه به اینکه مجلس به توفیقی رأی اعتماد نمی‌دهد؛ قرار شده تا رئیس‌جمهور توفیقی را به عنوان گزینه پیشنهادی وزارت علوم به مجلس معرفی نکند.
وی با اشاره به محتوای گفت‌وگوی لاریجانی با روحانی افزود: در همین راستا علی لاریجانی رئیس مجلس با حسن روحانی رئیس جمهور گفت‌وگو کرده و قرار شد تا توفیقی برای کسب رای اعتماد به مجلس معرفی نشود و به احتمال زیاد همین اتفاق خواهد افتاد.
اما پس از انتشار این خبر روابط عمومی مجلس شورای اسلامی در مورد گفتگوی علی لاریجانی رئیس مجلس شورای اسلامی و حجت‌الاسلام حسن روحانی رئیس‌جمهور در مورد معرفی سرپرست وزارت علوم به عنوان وزیر پیشنهادی این وزارتخانه را تکذیب کرد.
توفیقی در دوره دوم ریاست جمهوری خاتمی بعد از استعفای مصطفی معین، به عنوان وزیر علوم انتخاب شد. او در جریان انتخابات ریاست جمهوری یازدهم به عنوان رییس ستاد انتخاباتی محمدرضا عارف فعالیت می کرد. گفته می‌شود یک نهاد امنیتی با توجه به نقش توفیقی در حوادث بعد از انتخابات سال ۸۸، حضور او در تبلیغات نامزدهای انتخابات ۹۲ را دارای اشکال دانسته است.
شنیده ها حاکی از تسلیم شدن روحانی در برابر مجلس و معرفی فرجی دانا بعنوان وزیر پیشنهادی علوم است.
این در حالی است که برخی کارشناسان گمانه زنی میکنند که روحانی میخوااهد در برخی وزارتخانه ها و نهادها از تاکتیک احمدی نژادی استفاده کند و یک فرد خنثی را در راس گذاشته و نفر دوم با اختیار تام و بدور از هرگونه مخالفت به کارش بپردازد.
بدینگونه که فردی خنثی وزیر علوم شود اما سیاستها و خط مشی ها را جعفر توفیقی که همانا قائم مقام وزارتخانه است ترسیم کند.
شنیده می شود چندی قبل همین مدل در دانشگاه آزاد اجرا شد بطوری که میرزاده بعنوان سرپرست دانشگاه آزاد معرفی شد و خط و ربط ها را یاسر هاشمی رفسنجانی ترسیم میکند
نیمه شهریور ۸۲ رضا فرجی‌دانا پس از استعفای مصطفی معین در اواخر کار دولت دوم سید‌محمد خاتمی، برای احراز وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس معرفی شد و نتوانست از مجلس ششم برای وزارت علوم رای اعتماد بگیرد . او از مجموع ۲۲۰ رأی مأخوذه، ۸۶ نماینده به وزیر پیشنهادی رأی اعتماد (رأی سفید)، ۱۲۷ نماینده مخالف (رأی کبود) و ۷ نماینده نیز رأی ممتنع (رأی زرد) دادند. بدین ترتیب، او پس از جهانگرد، دومین وزیر پیشنهادی خاتمی بود که موفق به کسب نظر مجلس برای حضور در کابینه نشد.